Paint.net dankt zijn naam aan het feit dat het in C# ontwikkeld wordt, wat betekent dat het .NET Framework nodig is om het programma te kunnen uitvoeren. Op de downloadpagina is dan ook een ruim 5MB grote download zonder en een bijna 51MB grote download met versie 2.0 van het .NET Framework te vinden. Versie 3.0 brengt een groot aantal veranderingen met zich mee, maar dat heeft helaas ook tot gevolg dat zowel Windows 2000 als de Itanium-versies van Windows niet langer meer ondersteund worden. Een nieuw onderdeel is onder andere de 'Multiple Document Interface' die door middel van thumbnails alle geopende afbeeldingen laat zien.

Voor een gratis toepassing biedt Paint.NET zeer veel mogelijkheden. Daar staat tegenover dat het programma slechts met een handjevol bestandstypes overweg kan: bmp, gif, jpeg en tiff.